På mange områder er disse to populære mikroalger ens, selvom der er en række vigtige videnskabelige forskelle, da de hører til forskellige mikroalgerklasser.
Chlorella er en sfærisk enkeltcellet plantemikroorganisme med en kerne, hvorimod spirulina er spiralformet flercellede cyanobakterier, hundrede gange større end chlorella-cellen, men uden ægte kerne.
Chlorella vokser i frisk vand og har brug for mere sofistikeret udstyr til høst og forarbejdning på grund af dets størrelse; spirulina vokser hovedsageligt i stærkt alkaliske farvande, hvor få andre organismer kan blomstre og er lettere at høste og behandle.
Ernæringsprofilerne er meget ens. Generelt har spirulina en tendens til at have en lidt højere procentdel af protein og jern plus et antal essentielle fedtsyrer, kalium, zink og calcium; den indeholder også mange vitaminer (B1, B2, B3, B6 og B-12) vitaminer C, D og E og phycocyanin. Chlorella inkluderer ligeledes mange af disse næringsstoffer og en mere balanceret proteinmængde, men forskellen er, at chlorella også indeholder mange antioxidanter, og dets vitamin B-12 er bio-tilgængelig, hvilket betyder, at det kan absorberes og udnyttes korrekt af kroppen.
Chlorella har en af de højeste former for klorofyl (4-5 gange mere end spirulina).
Det er svært at kåre en vinder mellem de to superalger, da de begge har gavnlige effekter. Der er dog lavet en smule mere forskning på Chlorella end på Spirulina, og derfor må dette blive vinderen, da der i højere grad er forskning på området, som understøtter de mange sunde fordele, som denne alge har for din krop. Men ikke desto mindre har begge alger et højt indhold af vigtige næringsstoffer, som kan bidrage til din velvære på forskellige måder. Du kan også sagtens lade de to alger komplimentere hinanden og inddrage dem begge i dine daglige kost. På den måde sikrer du, at du får masser af protein, vitamin og andre gode næringsstoffer.